Dưới thời nhà Lý, đạo phật phát triển rực rỡ. Kinh đô Hoa Lư (Ninh Bình) vốn là quê ngoại của Vua Lý Thái Tông, tại đây Hoàng thái hậu Lê Thị Phất Ngân mẹ Vua đã cho phục dựng và tu tạo nhiều ngôi, trong đó có chùa Duyên Ninh, chùa Am Tiên và chùa Dầu.

Chùa có tên chữ 靈衙寺 / 灵衙寺 / Linh Nha tự. Đôi câu đối trên tam quan cho biết vai trò của chùa Dầu qua hai triều đại Lý, Trần:[2]

李朝而起陳朝而興萬古名藍天柱已維地軸已立天年勝跡

Phiên âm:

Lý triều nhi khởi, Trần triều nhi hưng, vạn cổ danh lam;Thiên trụ dĩ duy, địa trục dĩ lập, thiên niên thắng tích.

Tạm dịch:

Triều Lý khởi lập, triều Trần hưng thịnh, muôn thuở danh lam;Cột trời vững chãi, trục đất chắc bền, nghìn năm thắng tích.

Thời Trần, Phật giáo phát triển mạnh. Vua đã đi tu. Vua Trần Thái Tông tu hành ở hành cung Vũ Lâm (thôn Văn Lâm, xã Ninh Hải, huyện Hoa Lư tỉnh Ninh Bình). Kế đó đến vua Trần Thánh Tông lấy tư cách một vị thiên tử mà đi tu làm Hòa thượng. Các hoàng hậu cũng đi tu làm ni cô, các vương công đi tu làm tăng chúng. Vì vậy, khi ở hành cung Vũ Lâm, vua Trần tiếp tục cho xây dựng mở rộng chùa Dầu để cho hoàng tử Ngự Câu Vương và công chúa Huyền Tư đến tu hành, cho nên hoàng tử và công chúa mới được thờ ở chùa.